Sejarah pendirian STIKes YARSI Pontianak berawal dari adanya kebutuhan akan tenaga perawat di Rumah Sakit Islam YARSI Pontianak, untuk memenuhi kebutuhan tersebut, para pendiri YARSI bersepakat untuk mendirikan sekolah yang bisa mencetak tenaga perawat, dengan harapan tenaga yang dihasilkan adalah SDM siap pakai, berperilaku Islami dan memiliki dedikasi terhadap Rumah Sakit Islam YARSI Pontianak. Maka pada tanggal 11 Maret 1984 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor: 66/Kep./Diklat/Kes/1984 tentang Izin Penyelenggaraan Pendidikan Tenaga Kesehatan Keperawatan Dasar, mulai diselenggarakan pendidikan keperawatan dengan nama Sekolah Perawat Kesehatan (SPK) YARSI Pontianak.

Sejak berdiri hingga tahun 1997, SPK YARSI telah meluluskan sebanyak 461 orang, dari 12 angkatan. Selain memenuhi kebutuhan tenaga perawat di Rumah Sakit Islam YARSI Pontianak, lulusan juga terserap sebagai tenaga kesehatan di lingkungan pemerintah pusat, pemerintah daerah, maupun swasta, yang tersebar di berbagai kabupaten/ kota di Kalimantan Barat. Selain mendidik tenaga perawat, SPK Yarsi juga pernah diberikan kepercayaan oleh Departemen Kesehatan (Depkes) untuk mendidik tenaga bidan Program C (tahun 1992-1994), dan telah meluluskan 33 orang bidan,dalam rangka memenuhi kebutuhan tenaga bidan di Kalimantan Barat. Sesuai dengan tujuan awal dalam rangka menghasilkan dan memenuhi kebutuhan tenaga perawat, maka program bidan dihentikan, sehingga pendidikan yang dilaksanakan berfokus pada peningkatan kualitas dan jenjang pendidikan tenaga perawat.

Dalam rangka peningkatan kualitas sumber daya manusia serta tuntutan profesionalisme di bidang keperawatan, SPK YARSI ditingkatkan statusnya (konversi) menjadi Akademi Keperawatan YARSI Pontianak berdasarkan SK Menteri Kesehatan RI Nomor: H.K.00.06.1.1.1509 tertanggal 9 Mei 1997. Mulai tahun ini pendidikan yang dilaksanakan tidak lagi bertujuan menghasilkan tenaga perawat dasar, tetapi beralih menghasilkan tenaga perawat profesional pemula, dengan gelar ahli madya keperawatan (AMK atau A.Md.Kep.).

Sejak konversi pada tahun 1997 sampai tahun 2009, AKPER YARSI telah meluluskan tenaga perawat profesional pemula sebanyak 599 orang. Lebih dari 90 % lulusan terserap sebagai tenaga kesehatan di institusi pemerintah maupun di institusi milik swasta, yang secara langsung maupun tidak langsung berkontribusi banyak dalam menyelesaikan masalah kesehatan masyarakat Kalimantan Barat pada khususnya, dan masyarakat Indonesia pada umumnya.